Zauważyłem taki błąd u siebie, po uruchomieniu mod_rewrite w swojej Joomli, nie mogłem przechodzić do żadnego z linków( chociaż widziałem że linki są poprawnie przekierowane, tzn. stronawww/aa , zamiast innych krzaczków ). Cały czas dostawałem stronę główną zamiast docelowych adresów.
Jak sobie poradzić ? Wystarczyło zajrzeć do apache, konkretniej vhost i dodać AllowOverride All
Prosta sprawa a spedziłem na tym dniówkę, nauczka na przyszłość 🙂